El Parque Protegido Shoonem se encuentra emplazado en el sector occidental de la Provincia del Chubut y dentro del ejido de la Municipalidad de Alto Río Senguer, comprendiendo parte de la Cordillera de los Andes y un sector oriental extrandino, en las coordenadas 44° 50 ´latitud Sur, y 71° 30 ´ longitud Oeste. Su territorio comprende íntegramente la cuenca de los lagos Fontana y La Plata hasta el límite con la República de Chile a Norte, Sur y Oeste. Se puede abordar desde Alto Río Senguer mediante las rutas provinciales N° 21 y 57, por las que se arriba a los Lagos por Sur y Norte respectivamente. Al interior del Parque Protegido la red caminera no está integrada y confluyen en el Río Unión, que une los dos lagos. Su territorio ronda las 148.000 ha.. Presenta la singularidad de ser el inicio de la cuenca hidrográfica endorreica de la que subsiste la Patagonia central: ciudades de Comodoro Rivadavia, Sarmiento, Rada Tilly, y Caleta Olivia en Santa Cruz.